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26 nov. 2020

COVID-19 : cartographie du nombre de dépistages réalisés et de cas positifs constatés du 16 au 22 novembre 2020 (semaine 47)

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COVID-19 : les chiffres de la contamination en France du 16 au 22 novembre

Ces statistiques sont basées sur les données colligées par SI-DEP disponibles sur data.gouv.fr en open data. Ces données ne concernent que les examens RT-PCR.

Ces chiffres sont à prendre avec précaution. Les résultats des tests rapides antigéniques ne sont pas encore disponibles en Open Data et ils sont pourtant utilisés largement et en particulier pour les patients symptomatiques avec un probable taux de positivité plus important que dans les laboratoires de biologie médicale. Il est probable que tous les chiffres soient minimisés par rapport à la réalité de la situation et en particulier les chiffres de positivité.

Les extrapolation concernant les tests antigéniques se basent sur les données en Open Data disponibles sur data.gouv.fr.

Évolution en une semaine 

Évolution de la semaine 47 (16 au 22 novembre) par rapport à la semaine 46 (9 au 15 novembre). Attention, le semaine 46 est la semaine du 11 novembre, jour férié qui diminue le nombre de dépistages.

stats covid S47 plein ag2

En PCR, 100.123 personnes ont été dépistés positives à la COVID 19 en une semaine contre 165.919 la semaine précédente. Il s'agit d'une baisse proche de -25% des dépistages, mais cette baisse est minimisée dûe au 11 novembre férié ! En supprimant le mercredi de la semaine 46 et de la semaine 47, on arrive à une baisse du nombre de dépistages par PCR de -34,57% (voir tableau ci-dessous). Les délais de rendus moyens restent sous la barre des 24H.

Cette baisse s'explique surtout par l'utilisation croissante des tests antigéniques.

La baisse est moins importante dans les DROM qu'en métropole, il utilisent moins les dépistages antigéniques.

Concernant les positifs en PCR, ils baissent de -39,66% en métropole, plus rapidement que la baisse du nombre de dépistages.

Les données SI-DEP des dépistages antigéniques ne sont toujours par disponibles, mais il existe un premier jeu de données élaboré sur un panel de 14000 pharmacies et extrapolé à la France entière qui permet de faire des premières estimations. Il est difficile de qulifier la qualité des données ! Les pharmacies distribuent aussi des tests antigéniques aux autres professionnels de santé de manière gratuite et les distributions réalisées sont aussi disponibles dans le même fichier. Cela nous a permis de compléter le tableau ci-dessus avec les données disponibles. Les estimations se basent sur les données disponibles avec les règles d'estimation suivantes :
- Les positifs ne figurant pas dans le jeu de données, ils sont estimés sur la base du taux de positivité de la PCR. Sachant que les préconisations de la HAS pour les tests antigéniques sont pour des patients symptomatiques, il est probable que le nombre de positifs soit plus élevé que ce qui est estimé ici.
- Le jeu de données contient le nombre de tests redistibués à d'autres professionnels de santé, mais pas leur utilisation effective. Cette distibution étant progressive, nous avons estimé que les tests distribués sont utilisés progressivement en 4 semaines (20% pour la semaine considérée, 40% pour S-1, 30% pour S-2, 10% pour S-3).

Sur la base de ces estimations, il est probable que plus de 1,4 millions de dépistages ont été réalisés (malgré un jour férié) et que près de 64.000 positifs ont été détectés par des test antigéniques.

Au total, en PCR + Dépistage antigéniques, 165.204 positifs sont estimés en une semaine contre 205.670 la semaine précédente soit une baisse probable d'environ -20% (environ -14% sans le 11 novembre) des positifs en une semaine et une baisse de -5% des dépistages (en partie à cause du 11 Novembre qui y participe pour un peu plus de 10%).

Toutes les analyses de données qui suivent sont réalisées hors tests antigéniques.

Pour avoir une comparaison à périmètre comparable uniquement sur les PCR, le tableau ci-dessous compare les deux semaines avec un flitre sur le mercredi des deux semaines.

stats covid S47 6j

A périmètre comparable, le nombre de PCR a diminué de -34,23% et le nombre de positifs PCR de -47,36%. 

A savoir à propos de la répartition géographique des données

A noter que dans les données collectées par le SI-DEP, il existe environ 1% des données dont le département n'est pas renseigné (code postal renseigné invalide), soit environ l'équivalent d'un département Français. Pour cette raison, dans nos analyses, il a été décidé de considérer ces patients comme situés en France métropolitaine et de situer ces données dans l'océan atlantique afin de pouvoir les suivre visuellement tout en comprenant ce qu'elles représentent.

Concernant les couleurs pour les "Heat Map" (représentation en cible), la couleur n'est pas attribuée qu'en fonction du nombre représenté, mais prend aussi en considération la taille de la zone géographique et donc la densité. Ainsi, pour l'Ile-de-France, il apparaitra légèrement plus important car l'IA estime que ce niveau de cas sur une zone restreinte est plus important qu'un nombre de cas un peu plus important sur une zone moins dense.

Données sur les dépistages antigéniques

Les données disponibles sur les dépistages antigéniques sont disponibles uniquement par région. Considérer ces données permet d'objectiver la marge d'inexactitude des données PCR. Plus une région utilise le dépistage antigénique, plus les données de cette région sont partielles et ont une marge d'erreur plus importante.

La carte ci-dessous présente en incidence les régions ou les pharmacies pratiquent le plus le dépistage en officine. C'est à Paris et en Corse que les pharmaciens réalisent le plus de tests antigénique en officine alors que cette pratique est presque inexistante en Bretagne.

incidence ag pharmacie

La carte ci-dessous présente en incidence par région la redistribution de tests antigéniques par région. Les volumes redistibués sont plus importants que les dépistages réalisés en pharmacie, mais ils sont plus souvent aussi utilisés directement entre professionnels de santé pour leur propre suivi. En Corse et en PACA, les tests antigéniques sont très utilisés par les PS en dehors des laboratoires de biologie et des pharmacies.

incidence ag redistribue s47

La carte ci-dessous présente en volume les dépistages réalisés en pharmacie et les tests redistibués aux professionnels de santé.

incidence ag volumes s47

Il est probable que les données PCR sont les moins représentatives de la situation réelle en Ile-de-France, en PACA, en Corse et en AURA.

Évolution par département (Hors Dépistages Antigéniques)

 

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 par PCR en une semaine

L'incidence est calculée par la formule :
Nombre de positifs PCR du département en une semaine / Population du département / 100.000 (habitants).

incidence pos dept S47

Les départements de la Région Auvergne-Rhône-Alpes occupent encore une fois cette semaine des positions asses hautes dans les départements les plus contaminés de France, mais avec une baisse notable. On voit aussi très clairement sur la carte qu'il y a une grande différence de contamination entre la moitié Ouest du pays, moins contaminée, et la moitié Est du pays qui a un taux d'incidence de l'épidémie beaucoup plus important. Les tests antigéniques étant aussi largement utilisés dans ces départements sans disponibilité des données, on peut penser que ces chiffres sont très minimisés.

La Haute-Savoie reste le département le plus touché de France en incidence de 430 personnes positives pour 100.000 habitants (-22%) contre une incdence de 649 la semaine précédente, ce qui est une baisse assez faible compte tenu qu'il faut ajouter des positifs antigéniques. La Savoie est le deuxième département le plus touché avec une incidence de 315 positifs pour 100.000 habitants contre 581 la semaine précédente soit une baisse de -28%. Le troisième département le plus touché sont les Hautes-Alpes avec une incidence de 306 positifs pour 100.000 habitants contre 445 la semaine précédente (-21%).

Tous les autres départements ont une incidence de moins de 300 personnes pour 100.000 habitants.

Comme la tendance générale est à la baisse, on peut noter les plus belles baisses comme celle de la Corse du Sud et la Loire qui enregistrent une baisse de -36%.

Les départements les moins touchés en incidence sont trois départements qui passent de nouveau sous le seuil d'alerte ( <50 pour 100.000 habitants) comme le finistère avec une incidence de 35 positifs pour 100.000 habitants contre 81 la semaine précédente (-31%), la Corse du Sud avec une incidence de 43 contre 95 la semaine précédente et la Charente-Maritime avec 45 positifs pour 100.000 habitants contre 75 la semaine précédente. Pour le Finistère et la Charente-Maritime, les chiffres sont fiables, l'impact des dépistages antigéniques étant faibles.

Carte du nombre de dépistage réalisés en une semaine

L'incidence des dépistages est calculée par la formule :
Nombre d'examens / Population du département / 100.000 habitants

incidence test dept S47

La baisse de dépistage est très forte cette semaine avec les dépistages antigéniques croissants et minimisé car la comparaison se fait sur la semaine préédente qui avait un jour férié. Le département qui réalise le plus grand nombre de dépistages pour 100.000 habitants cette semaine reste la Haute-Savoie avec une incidence de 1.685 pour 100.000 habitants contre 2.171 la semaine précédente (13.965 dépistages réalisés). Le Doubs passe deuxième avec une incidence de 1.597 dépistages pour 100.000 habitants - 8.620 dépistages - contre 2.096 la semaine précédente - 11.309 dépistages . Le troisième département en incidence de dépistage est la Savoie avec 1.576 dépistages pour 100.000 habitants cette semaine - 6.820 dépistages - contre une incidence de 2.194 la semaine précédente - 9.494 dépistages.

Les départements qui dépistent le moins sont le Finistère (826 dépistages pour 100.000 habitants contre 1.205 la semaine précédente), l'Ariège (879 dépistages pour 100.000 habitants) et la Haute-Vienne (892 dépistages pour 100.000).

Évolution par région (Hors Tests Antigéniques)

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 en une semaine

L'incidence est calculée par la fomule : 
Nombre de positifs de la région en une semaine / Population de la région / 100 000 (habitants)

incidence pos reg S47

Auvergne-Rhône-Alpes reste la région avec la plus forte incidence de positifs avec 259 positifs pour 100.000 habitants (20.869 cas) contre 857 la semaine précédente soit une baisse de -43% en une semaine. La deuxième région en incidence est la Bourgogne-Franche-Comté avec 233 cas positifs pour 100.000 habitants (6.499 cas positifs) contre 370 la semaine précédente soit une baisse de -37%. Les Hauts-de-France sont la troisième région avec 180 positifs pour 100.000 habitants contre 291 la semaine précédente soit une baisse de -38%.

Les moins touchées en incidence cette semaine sont la Corse avec une incidence de 49 positifs pour 100.000 habitants contre 114 la semaine précédente (-56%), la Bretagne avec une incidence de 64 positifs pour 100.000 habitants contre 125 la semaine précedente soit une baisse de -49%, la Nouvelle-Aquitaine avec 109 positifs pour 100.000 habitants contre 177 la semaine précédente soit une baisse de -38%.

 

Carte du nombre de dépistages réalisés en une semaine

incidence test reg S47

En métropole, les trois régions qui réalisent le plus grand nombre de dépistages cette semaine en incidence sur la population sont la Bourgogne-Franche-Comté avec 1.424 dépistages pour 100.000 habitants (39.647) contre 1.912 pour 100.000 habitants la semaine précédente, Auvergne-Rhône-Alpes avec 1.358 dépistages pour 100.000 habitants (109.146 dépistages) contre 1.908 dépistages pour 100.000 habitants la semaine précédente, et le Grand-Est avec 1.335 pour 100.000 habitants (73.586) contre 1.712 dépistages pour 100.000 habitants la semaine précédente.

La Bretagne est la région qui dépiste le moins en incidence sur la population avec une incidence de 906 dépistages pour 100.000 habitants contre 1.272 la semaine précédente (-29%) !

Suivent ensuite la lIle-de-France (1.001 examens pour 100 000 habitants) et la Corse (1.032 dépistages pour 100.000 habitants). Néanmoins pour ces deux dernières régions, nous avons vu que les dépistages antigéniques sont massivement utilisés et expliquient cette baisse.

 

Voir vidéo à jour sur l'évolution de la situation depuis le déconfinement. 

 

Historique des statistiques

Voir les statistiques de la semaine 46 (9 au 15 nov.)

 

Réalisation. Ces analyses de données et représentations sont réalisées pour le SDB par la société SIL-LAB Experts que vous pouvez contacter ici

617 Dernière modification le jeudi, 26 novembre 2020