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17 déc. 2020

COVID-19 : cartographie du nombre de dépistages réalisés et de cas positifs constatés du 7 au 13 décembre 2020 (semaine 50)

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COVID-19 : les chiffres de la contamination en France du 7 au 13 décembre

Ces statistiques sont basées sur les données colligées par SI-DEP disponibles sur data.gouv.fr en open data. Ces données ne concernent que les examens RT-PCR.

Ces chiffres sont à prendre avec précaution. Les résultats des tests rapides antigéniques ne sont pas encore disponibles en Open Data et ils sont pourtant utilisés largement et en particulier pour les patients symptomatiques avec un probable taux de positivité plus important que dans les laboratoires de biologie médicale. Il est probable que tous les chiffres soient minimisés par rapport à la réalité de la situation et en particulier les chiffres de positivité.

Les extrapolation concernant les tests antigéniques se basent sur les données en Open Data disponibles sur data.gouv.fr.

Évolution en une semaine 

Évolution de la semaine 50 (7 au 13 décembre) par rapport à la semaine 49 (30 novembre au 6 décembre).

stats covid s50

En PCR, 79.787 personnes ont été dépistés positives à la COVID 19 en une semaine contre 72.516 la semaine précédente. Il s'agit d'une hausse de +10% des positifs avec une hausse de +13% des dépistages. La hausse des positifs est ciblée sur quelques départements alors que la hausse des dépistages est généralisées et il n'y a par réellement de corrélation entre la hausse des dépistages et celle des positifs.

Cette hausse des PCR est d'autant plus remarquable qu'elle s'accompagne d'une hausse des tests antigéniques, surtout en Pharmacie.

La situation dans les DROM est assez comparable à celle de l'ensemble de la France.

Les données SI-DEP des dépistage antigéniques ne sont toujours par disponibles, mais il existe un premier jeu de données élaboré sur un panel de 14.000 pharmacies et extrapolé à la France entière, publié par IQVIA, qui permet de faire des premières estimations. La progression des dépistages antigéniques est de 8% au global, relativement stable avec 882.200 dépistages en semaine 50 contre 812.570 dépistages en semaine 49. En appliquant le même taux de positivité que pour la PCR, le nombre de positifs antigéniques progresse de 5%. L'estimation qui en découle au total est de 133.067 positifs en semaine 50 contre 123.235 positifs en semaine 49, soit une hausse de 7,98% ! Plus de 2,2 millions de dépistages ont été réalisés en une semaine, tous types de test confondus.

A savoir à propos de la répartition géographique des données

A noter que dans les données collectées par le SI-DEP, il existe environ 1% des données dont le département n'est pas renseigné (code postal renseigné invalide), soit environ l'équivalent d'un département Français. Pour cette raison, dans nos analyses, il a été décidé de considérer ces patients comme situés en France métropolitaine et de situer ces données dans l'océan atlantique afin de pouvoir les suivre visuellement tout en comprenant ce qu'elles représentent.

Concernant les couleurs pour les "Heat Map" (représentation en cible), la couleur n'est pas attribuée qu'en fonction du nombre représenté, mais prend aussi en considération la taille de la zone géographique et donc la densité. Ainsi, pour l'Ile-de-France, il apparaitra légèrement plus important car l'IA estime que ce niveau de cas sur une zone restreinte est plus important qu'un nombre de cas un peu plus important sur une zone moins dense.

Analyse des dépistages Antigéniques

Cartographie des dépistages antigéniques réalisés en pharmacie en incidence par région

incidence ag pharma reg

Le dépistage Antigénique a progressé de presque 30% en pharmacie. .Le dépistage en Pharmacie est principalement utilisé en Ile-de-France, et aussi dans une moindre mesure en Corse et en PACA. Pour les autres régions, ce n'est pas un modèle très utilisé et en particulier en Bretagne ou il n'y a presque aucun dépistage en officine.

Cartographie de la simulation des dépistages antigéniques réalisés après redistribution par les pharmaciens en incidence par région

incidence ag ps reg

Les dépistages antigéniques réalisés par des PS en dehors des pharmacies et des laboratoires est stable a un niveau assez haut cette semaine. Ce modèle est très utilisé en PACA, massivement vers Nice et dans une moindre mesure à Paris, en Corse, en Région Auvergne-Rhône-Alpes et en Occitanie. La Bretagne, encore une fois n'utilise pas beaucoup ce type de dépistage.

C'est donc dans ces régions que les données PCR que nous présentons dans le reste de l'analyse est la moins fiable et représentative de la réalité, en particulier à Paris, ou nous pensons que la hausse du nombre de positifs est particulièrement élevée contrairement à ce que l'on peut voir en PCR. 

Évolution par département (Hors Dépistages Antigéniques)

 

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 par PCR en une semaine

L'incidence est calculée par la formule :
Nombre de positifs PCR du département en une semaine / Population du département / 100.000 (habitants).

incidence pos dept s50

Les Ardennes restent le département le plus touché de France en incidence avec 329 personnes positives pour 100.000 habitants (+44%) contre une incdence de 229 la semaine précédente. La Doubs est le deuxième département le plus touché avec une incidence de 269 positifs pour 100.000 habitants contre 232 la semaine précédente soit une hausse de +16%. Le troisième département le plus touché est la Haute-Marne avec une incidence de 264 positifs pour 100.000 habitants contre 174 la semaine précédente (+51%). On voit clairement une ligne entre le Grand Est et la Bourgogne-Franche-Comté qui va de Metz à la frontière Suisse où l'épidémie progresse plus que la moyenne.

Il y a des changement importants en hausse comme en baisse comme pour les hausses, +80% dans le Cher, +65% dans la Marne et pour les baisses, -49% pour la Corse-du-Sud qui était déjà l'un des départements les moins touchés et -29% en Corrèze.

Les départements les moins touchés en incidence sont la Corse-du-Sud avec une incidence de 20 positifs pour 100.000 habitants contre 40 la semaine précédente (à relativiser car utilisation importante de dépistages antigéniques), la Charente-Maritim avec une incidence très stable de 21 contre 21 la semaine précédente et la Haute-Corse avec 23 positifs pour 100.000 habitants contre 24 la semaine précédente. Les chiffres de Corse sont à relativiser étant donné que les dépistages antigéniques sont largement utilisés. 9 départements sont sous le seuil d'alerte, exactement comme la semaine précédente.

Carte du nombre de dépistage réalisés en une semaine

L'incidence des dépistages est calculée par la formule :
Nombre d'examens / Population du département / 100.000 habitants

incidence test dept s50

La baisse de dépistage PCR progresse de nouveau cette semaine avec des dépistages antigéniques qui se stabilisent progressivement. Cette semaine, deux départements ont des incidences du nombre de dépistage supérieures à 3.000, cela signifiant que plus de 3% de la population est dépistée par semaine, l'incidence supérieure à 2.000 dépistages pour 100.000 habitants est maintenant confirmée dans 33 départements contre 16 la semaine dernière. La progression des dépistages est donc assez généralisée.

La théorie "plus on dépiste, plus il y a de positifs" ne se confirme de nouveau pas vraiment cette semaine. Si dans beaucoup de départements du Grand-Est, elle se vérifie, on peut prendre l'exemple des Bouches-du-Rhône qui ont beau avoir significativement augmenté le nombre de dépistage restent à un taux de positifs assez faible.

Le département qui réalise le plus grand nombre de dépistages pour 100.000 habitants cette semaine est les Ardennes avec une incidence de 3.097 pour 100.000 habitants contre 2.319 la semaine précédente. Les Bouches-du-Rhône passent deuxième avec une incidence de 3.000 dépistages pour 100.000 habitants contre 2.792 la semaine précédente. Le troisième département en incidence de dépistage est la Meurthe-et-Moselle avec 2.930 dépistages pour 100.000 habitants cette semaine contre une incidence de 2.346 la semaine précédente.

Les départements qui dépistent le moins sont la Manche (1.215 dépistages pour 100.000 habitants contre 1.145 la semaine précédente), le Finistère (1.270 dépistages pour 100.000 habitants) et l'Ile-et-Vilaine (1.301 dépistages pour 100.000). 

Évolution par région (Hors Tests Antigéniques)

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 en une semaine

L'incidence est calculée par la fomule : 
Nombre de positifs de la région en une semaine / Population de la région / 100 000 (habitants)

incidence pos reg s50

La Bourgogne-Franche-Comté reste la région la plus touchée en France cette semaine avec la plus forte incidence de positifs avec 210 positifs pour 100.000 habitants (5.846 cas) contre 179 la semaine précédente soit une hausse de +17% en une semaine. La deuxième région en incidence est le Grand-Est avec 184 cas positifs pour 100.000 habitants (10.185 cas positifs) contre 144 la semaine précédente soit une hausse de +28%. Auvergne-Rhône-Alpes est la troisième région avec 166 positifs pour 100.000 habitants contre 160 la semaine précédente soit une hausse de +4%.

Les moins touchées en incidence cette semaine sont la Corse avec une incidence de 22 positifs pour 100.000 habitants contre 31 la semaine précédente (-30%, mais recours aus tests Ag), la Bretagne avec une incidence de 45 positifs pour 100.000 habitants contre 42 la semaine précedente, assez stable, l'Occitanie avec 78 positifs pour 100.000 habitants contre 79 la semaine précédente.

 

Carte du nombre de dépistages réalisés en une semaine

incidence test reg s50

En métropole, les trois régions qui réalisent le plus grand nombre de dépistages cette semaine en incidence sur la population sont PACA avec 2.616 dépistages pour 100.000 habitants (132.266), le Grand-Est  avec 2.434 dépistages pour 100.000 habitants (134.174 dépistages) , et la Bourgogne-Franche-Comté avec 2.358 pour 100.000 habitants (65.642). On note que PACA a beau réaliser plus de dépistage que le Grand-Est, le taux de positivité reste plus faible, preuve que la situation est sous contrôle.

La Bretagne est la région qui dépiste le moins en incidence sur la population avec une incidence de 1.358 !

Suivent ensuite les Pays de la Loire (1.601 examens pour 100 000 habitants) et la Normandie (1.719 dépistages pour 100.000 habitants).

 

Voir vidéo à jour sur l'évolution de la situation depuis le premier déconfinement. 

 

Historique des statistiques

Voir les statistiques de la semaine 49 (31 nov. au 6 dec.)

 

Réalisation. Ces analyses de données et représentations sont réalisées pour le SDB par la société SIL-LAB Experts que vous pouvez contacter ici

483 Dernière modification le samedi, 26 décembre 2020