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19 nov. 2020

COVID-19 : cartographie du nombre de dépistages réalisés et de cas positifs constatés du 9 au 15 novembre 2020 (semaine 46)

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COVID-19 : les chiffres de la contamination en France du 9 au 15 novembre

Ces statistiques sont basées sur les données colligées par SI-DEP disponibles sur data.gouv.fr en open data. Ces données ne concernent que les examens RT-PCR.

Ces chiffres sont à prendre avec précaution. Les résultats des tests rapides antigéniques ne sont pas encore disponibles en Open Data et ils sont pourtant utilisés largement et en particulier pour les patients symptomatiques avec un probable taux de positivité plus important que dans les laboratoires de biologie médicale. Il est probable que tous les chiffres soient minimisés par rapport à la réalité de la situation et en particulier les chiffres de positivité, mais une estimation des tests antigéniques est faite au début de l'article !

Évolution en une semaine 

Évolution de la semaine 46 (9 au 15 novembre) par rapport à la semaine 45 (2 au 8 novembre). Attention, le semaine 46 est la semaine du 11 novembre, jour férié qui diminue le nombre de dépistages.

stat covid s46 plein

En PCR, 166.577 personnes ont été dépistés positives à la COVID 19 en une semaine contre 289.375 la semaine précédente. Il s'agit d'une baisse supérieure à -40% des positifs, mais cette baisse est partiellement dûe au 11 novembre férié et à l'utilisation croissante des tests antigéniques ! En supprimant le mercredi de la semaine 45 et de la semaine 46, on arrive à une baisse du nombre de positifs par PCR de -33% (voir tableau ci-dessous). Les délais de rendus moyens retournent sous la barre des 24H.

La situation est relativement similaire dans les DROM qu'en métropole.

Les données SI-DEP des dépistages antigéniques ne sont toujours par disponibles, mais il existe un premier jeu de données qui a été publié en Open Data pour un panel de 14.400 officines et qui permet de faire des premières estimations. Il est difficile de qulifier la qualité des données ! Sur les 14.400, environ 3.000 réalisent des dépistages soit à peine plus de 20%. Les pharmacies distribuent aussi des tests antigéniques aux autres professionnels de santé de manière gratuite et les distributions réalisées sont aussi disponibles dans le même fichier. Cela nous a permis de compléter le tableau ci-dessus avec les données disponibles. Les estimations se basent sur les données disponibles avec les règles d'estimation suivantes :
- Les chiffres du nombre de dépistages réalisés et de la distibution ont été extrapolés sur les 21.152 officines en France selon une règle de 3 depuis le jeu de données qui était sur un périmètre de 14.400 officines.
- Les positifs ne figurant pas dans le jeu de données, ils sont estimés sur la base du taux de positivité de la PCR, sachant que les préconisations de la HAS pour les tests antigéniques sont pour des patients symptomatiques. Pour cette raison, il est probable que le nombre de positifs soit plus élevé que ce qui est estimé ici.
- Le jeu de données contient le nombre de tests redistibués à d'autres professionnels de santé, mais par leur utilisation effective. Cette distibution étant progressive, nous avons estimé que la première semaine, 10% des tests avaient été utilisés et que la semaine suivante, 10% de ceux de la première semaine et 10% de ceux de la deuxième semaine ont réellement été utilisés.

Sur la base de ces estimations, il est probable que plus de 1,6 millions de dépistages ont été réalisés (malgré un jour férié) et que près de 50.000 positifs ont été détectés par des test antigéniques.

Au total, en PCR + Dépistage antigéniques, 213.970 positifs sont estimés en une semaine contre 323.802 la semaine précédente soit une baisse probable d'au moins 30% des positifs en une semaine et une baisse de -20% des dépistages (en partie à cause du 11 Novembre qui y participe pour un peu plus de 10%).

Le dépistage PCR représente 1.030.645 actes et le dépistage antigénique concerne environ 290.000 actes. Il est impossible de dire la part de dépistage antigénique qui a été confirmée en PCR pour un même individu.

Toutes les analyses de données qui suivent sont réalisées hors tests antigéniques.

Pour avoir une comparaison à périmètre comparable uniquement sur les PCR, le tableau ci-dessous compare les deux semaines avec un flitre sur le mercredi des deux semaines.

stat covid s46 6j

A périmètre comparable, le nombre de PCR a diminué de -18,92% et le nombre de positifs PCR de -33,18%. 

A savoir à propos de la répartition géographique des données

A noter que dans les données collectées par le SI-DEP, il existe environ 1% des données dont le département n'est pas renseigné (code postal renseigné invalide), soit environ l'équivalent d'un département Français. Pour cette raison, dans nos analyses, il a été décidé de considérer ces patients comme situés en France métropolitaine et de situer ces données dans l'océan atlantique afin de pouvoir les suivre visuellement tout en comprenant ce qu'elles représentent.

Concernant les couleurs pour les "Heat Map" (représentation en cible), la couleur n'est pas attribuée qu'en fonction du nombre représenté, mais prend aussi en considération la taille de la zone géographique et donc la densité. Ainsi, pour l'Ile-de-France, il apparaitra légèrement plus important car l'IA estime que ce niveau de cas sur une zone restreinte est plus important qu'un nombre de cas un peu plus important sur une zone moins dense.

 

Évolution par département (Hors Dépistages Antigéniques)

 

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 en une semaine

L'incidence est calculée par la formule :
Nombre de positifs du département en une semaine / Population du département / 100.000 (habitants).

incidence pos dept s46

Les départements de la Région Auvergne-Rhône-Alpes occupent encore une fois cette semaine la position des départements les plus contaminés de France, mais avec une baisse très notable dans ces départements. On voit aussi très clairement sur la carte qu'il y a une grande différence de contamination entre la moitié Ouest du pays, moins contaminée, et la moitié Est du pays qui a un taux d'incidence de l'épidémie beaucoup plus important. Les tests antigéniques étant aussi largement utilisés dans ces départements sans disponibilité des données, on peut penser que ces chiffres sont très minimisés.

La Haute-Savoie est le département le plus touché de France en incidence de 647 personnes positives pour 100.000 habitants (-41%) contre une incdence de 1.097 la semaine précédente. La Loire est le deuxième département le plus touché avec une incidence de 582 positifs pour 100.000 habitants contre 1.019 la semaine précédente soit une baisse de -43%. Le troisième département le plus touché est la Savoie avec une incidence de 580 positifs pour 100.000 habitants contre 1.111 la semaine précédente (-48%).

La Haute-Loire et l'Isère, encore des départements limitrophes, suivent dans le classement avec une incidence de plus de 500.

Comme la tendance générale est à la baisse, on peut noter les plus belles baisses comme celle de la Corse du Sud qui enregistre une baisse de -73%, ou de l'Arriège qui obtient une baisse de -59%.

Les départements les moins touchés en incidence sont trois départements qui passent de nouveau sous la barre d'incidence de 100 pour 100.000 habitants comme la Charente-Maritime avec une incidence de 75 positifs pour 100.000 habitants contre 110 la semaine précédente (-32%), le Finistère avec une incidence de 79 contre 166 la semaine précédente et la Corse du Sud avec 95 positifs pour 100.000 habitants contre 358 la semaine précédente.

Carte du nombre de dépistage réalisés en une semaine

L'incidence des dépistages est calculée par la formule :
Nombre d'examens / Population du département / 100.000 habitants

incidence test dept s46

La baisse de dépistage est très forte cette semaine avec le double effet du 11 novembre et des dépistages antigéniques croissants qui ne sont pas dans nos indicateurs. Le département qui réalise le plus grand nombre de dépistages pour 100.000 habitants cette semaine reste la Haute-Loire avec une incidence de 2.351 pour 100.000 habitants contre 3.332 la semaine précédente (5.336 dépistages réalisés). La Savoie passe deuxième avec une incidence de 2.203 dépistages pour 100.000 habitants - 9.531 dépistages - contre 3.144 la semaine précédente - 13.600 dépistages . Le troisième département en incidence de dépistage est la Haute-savoie avec 2.173 dépistages pour 100.000 habitants cette semaine - 18.008 dépistages - contre une incidence de 3.178 la semaine précédente - 26.327 dépistages.

Il y a un gros boulversement dans les départements qui dépistent le moins, certainement lié à l'utilisation très locale des dépistages antigéniques, avec en tête, la Seine-St-Denis (1.116 dépistages pour 100.000 habitants contre 1.555 la semaine précédente), le Morbihan (1.135 dépistages pour 100.000 habitants) et l'Ariège (1.168 dépistages pour 100.000).

Évolution par région (Hors Tests Antigéniques)

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 en une semaine

L'incidence est calculée par la fomule : 
Nombre de positifs de la région en une semaine / Population de la région / 100 000 (habitants)

incidence pos reg s46

Auvergne-Rhône-Alpes reste la région avec la plus forte incidence de positifs avec 456 positifs pour 100.000 habitants (36.637 cas) contre 843 la semaine précédente soit une baisse de -46% en une semaine. La deuxième région en incidence est la Bourgogne-Franche-Comté avec 365 cas positifs pour 100.000 habitants (10.165 cas positifs) contre 602 la semaine précédente soit une baisse de -39%. Les Hauts-de-France sont la troisième région avec 291 positifs pour 100.000 habitants contre 509 la semaine précédente soit une baisse de -43%.

Les moins touchées en incidence cette semaine sont la Corse avec une incidence de 114 positifs pour 100.000 habitants contre 290 la semaine précédente (-61%), la Bretagne avec une incidence de 124 positifs pour 100.000 habitants contre 220 la semaine précedente soit une baisse de -43%, la Nouvelle-Aquitaine avec 176 positifs pour 100.000 habitants contre 282 la semaine précédente soit une baisse de -37%.

 

Carte du nombre de dépistages réalisés en une semaine

incidence test reg s46

En métropole, les trois régions qui réalisent le plus grand nombre de dépistages cette semaine en incidence sur la population sont Auvergne-Rhône-Alpes avec 1.916 dépistages pour 100.000 habitants (153.937) contre 2.936 pour 100.000 habitants la semaine précédente, la Bourgogne-Franche-Comté avec 1.905 dépistages pour 100.000 habitants (53.027 dépistages) contre 2.654 dépistages pour 100.000 habitants la semaine précédente, et les Hauts-de-France avec 1.797 pour 100.000 habitants (107.177) contre 2.679 dépistages pour 100.000 habitants la semaine précédente.

Pour la première fois, l'Ile de France est la région qui dépiste le moins en incidence sur la population avec une incidence de 1.198 dépistages pour 100.000 habitants contre 1.760 la semaine précédente (-46%) !

Suivent ensuite la Bretagne (1.274 examens pour 100 000 habitants) et la Normandie (1.403 dépistages pour 100.000 habitants).

 

Voir vidéo à jour sur l'évolution de la situation depuis le déconfinement. 

 

Historique des statistiques

Voir les statistiques de la semaine 45 (2 au 8 nov.)

 

Réalisation. Ces analyses de données et représentations sont réalisées pour le SDB par la société SIL-LAB Experts que vous pouvez contacter ici

448 Dernière modification le jeudi, 19 novembre 2020